Le syndicat dispose depuis 1998 d'un réseau de suivi de la qualité de l'eau des principaux cours d'eau du bassin et de l'estuaire.

Carte du réseau de suivi de la qualité de l'eau
Le réseau de suivi de la qualité de l'eau se compose de 9 points de prélèvements (7 en eau douce et 2 dans l'estuaire) sur lesquels sont effectuées tous les mois des analyses physico-chimiques et bactériologiques. Les principaux cours d'eau suivis sont l'Odet, le Steïr, le Jet, le Corroac'h et le Mur. Des prélèvements ponctuels sont également réalisés en période de crue (pesticides notamment), après un évènement pluvieux significatif.
Le Sivomeaq suit quant à lui 4 points de suivi sur un sous bassin versant du Steïr, dans le cadre de son plan de gestion de la matière organique (réseau de suivi secondaire), et dont un des points est en commun avec le réseau de suivi du Sivalodet.
En complément, sur l'estuaire, sont réalisées des analyses bactériologiques sur des huîtres (cinq sites), afin de pouvoir établir un classement au niveau conchylicole pour cette partie de l'Odet (arrêté préfectoral).
En 2008 a également été effectuée une analyse biologique de la qualité de l'eau au niveau des cinq principaux cours d'eau du bassin versant . Cette analyse biologique s'est traduite par l'étude de trois indices : l'indice biologique global normailsé (IBGN ), l'indice diatomée (IBD) et l'indice poisson (IPR). Ces indices seront analysés tous les trois ans, et donc la prochaine campagne aura lieu en 2011.
Le rapport de la qualité 2008* présente la méthode d'analyse et les objectifs du Sage de l'Odet, les tendances depuis 1998 et les résultats pour l'année 2008. Ce bilan ne concerne que les stations suivies par le Sivalodet, avec l'intégration du point nodal du Sdage Loire Bretagne sur l'Odet, qui est également un des points nodaux du Sage de l'Odet, suivi par l'Agence de l'Eau.
L'étude des résultats 2008 permet de réaliser, à un instant "t", une analyse de la qualité des cours d'eau du bassin versant vis-à-vis des objectifs fixés par le Sage de l'Odet et qui sont à atteindre d'ici 2015. Elle permet ainsi de dire si en 2008 les cours d'eau atteignent déjà ou non leurs objectifs de qualités fixés.
La qualité générale des cours d'eau est plutôt bonne, mis à part certains paramètres (nitrates, bactériologie) et sur certains secteurs, où subsistent encore quelques problèmes. Les tendances 2008 sont assez proches de ce qui avait pu être observé les années passées.
Sur l'ensemble du bassin versant , l'altération par les nitrates est encore marquée (mauvaise qualité) malgré des valeurs toutes inférieures à 50 mg/l. Nonobstant la présence naturelle des nitrates dans les sols, elle est principalement imputable aux apports d'origine agricole (engrais minéraux et effluents agricoles). Après une tendance à la baisse des teneurs de 1998 à 2004 (diminution de près de 7 mg/l), une remontée plus ou moins significative des valeurs sur la plupart des secteurs suivis (de 0.5 à 4 mg/l) en 2005, une certaine stabilité des concentrations entre 2006 et 2007, l'année 2008 montre une baisse des teneurs moyennes sur presque l'ensemble des stations (excepté le Corroac'h).
La qualité microbiologique est très mauvaise sur la plupart des stations (sauf sur le Corroac'h et l'estuaire partie aval). Ceci peut témoigner de l'existence de rejets domestiques non maîtrisés, de l'absence ou de l'insuffisance de traitement. Il peut s'agir aussi d'un problème de lessivage de surfaces souillées ou de sols récemment épandus après de fortes pluies. La présence de certains micro-organismes peut ainsi être gênante pour la pratique de certains usages (estuaire notamment).
L'Odet semble bien se comporter vis-à-vis des matières azotées (hors nitrates), phosphorées et organiques, contrairement aux nitrates (qualité mauvaise) et de la bactériologie (qualité très mauvaise).
Le Steïr présente des résultats comparables à ceux de l'ensemble du bassin versant , à savoir une qualité mauvaise en nitrates, très bonne pour les matières azotées hors nitrates et les orthophosphates ainsi que très mauvaise pour la bactériologie. Il présente également une qualité moyenne au niveau de la matière organique et du phosphore total.
Le Jet présente une qualité légèrement inférieure à celle de l'Odet et du Steïr, mais avec un bilan semblable aux deux autres cours d'eau principaux du bassin versant : bonnes qualités aux niveaux des matières azotées et phopsphorées, qualité moyenne pour la matière organique, mauvaise pour les nitrates et très mauvaise pour la bactériologie.
Le Mur voit sa qualité altérée par des problèmes de matières organiques (COD), des résultats moyens en ammonium, nitrites et phosphore total, contre des résultats bons en orthophosphates.
Le Corroac'h considéré comme point noir sur le bassin versant depuis 1998, montre en 2008 une tendance à une certaine amélioration. En effet ce ruisseau gagne une classe de qualité au niveau de l'ammonium, des nitrites, des orthophosphates et du COD. Quant aux nitrates et à la bactériologie, les qualités sont considérées comme mauvaises.
Malgré la difficulté de pouvoir réaliser régulièrement des prélèvements pour l'analyse des rpoduits phytosanitaires, les analyses révèlent encore la présence de molécules issues de traitements phytosanitaires, toutes origines confondues (agricoles, collectivités, particuliers).
L'altération de l'estuaire vient des micro-organismes, là où l'Odet subit directement l'influence du centre ville de Quimper et du bassin versant en amont. La dilution physique aidant, on observe une meilleure qualité plus en aval.
Le suivi 2008 de la salubrité de l'estuaire de l'Odet (analyse de la qualité bactériologique d'huîtres) montre une partie amont de l'estuaire (baie de Kérogan) plus dégradée qu'en aval, et une confirmation d'un classement en B à partir de Rossulien, et surtout Kérouzien où se trouve le gisement naturel d'huîtres du Pérennou.
D'un point de vue comparatif avec les objectifs du Sage de l'Odet, on peut estimer qu'en 2008, environ 57% de ces objectifs sont remplis. L'objectif le plus difficile à atteindre concerne le paramètre nitrates (aucune station n'atteint son objectif) et le point de suivi le plus éloigné d'un état conforme aux objectifs est celui situé sur le ruisseau du Mur.
Avec une pluviométrie annuelle de 1166 mm (moyenne annuelle des cinq stations pluviométriques de la DDE sur le bassin versant ), 2008 peut être considérée comme une année plutôt moyenne pour la période 1999-2008 (voir annexe du rapport qualité eau 2008 : tableau pluviométrie), mais plutôt sèche pour une période considérée plus longue. En effet la moyenne sur une quarantaine d'années pour le bassin versant est d'environ 1300 mm.
* l'évaluation de qualité de l'eau se fait à l'aide d'une méthode de classification réalisée par les agences de l'eau et le Ministère chargé de l'Environnement (Direction de l'eau et DIREN - 1999) : le Seq-eau (système d'évaluation de la qualité de l'eau des cours d'eau).